EF65形1000番代は、東北・上越線に使用され運用面で問題があったEF65形500番代(F型)を1969(昭和44)年に発展改良し誕生した機関車で、機能的に客貨物牽引に対応した性能を持つことからPF型とも呼ばれています。
外観的に500番代との大きな違いは、重連運用の便を考え連絡用に貫通ドアが設けられた点です。
また当初製作された、1001~1017号機はヘッドライトヒサシ及び前面窓ヒサシがない形態で、1018号機以降はヘッドライト及び前面窓ヒサシが取付けられました。1017号機までの機関車も後年の改造で前面ヒサシは取付けられましたが、ヘッドライトヒサシは取付けられず1018号機以降の車輌とは区別しやすくなっています。このEF65形1000番代は運用範囲が広く、山岳路線を除いた主要な直流電化区間で使用されており、直流電気機関車として最も完成された機関車です。